22世纪初，一场核战争将地球变成了荒漠。幸存下来的少数人类建立了城邦国家塞托斯，并在推进人类复兴计划的过程中，与数万年来一直潜藏在地幔层的潜在生命体阿特曼接触，为了地球的生存权展开了冲突。在塞托斯军队全力集中于绿色荒野以阻止阿特曼入侵的间隙，塞托斯的治安长官、指挥塞托斯重要装甲战力犰狳部队和空军的莫诺斯塔将军发动叛乱，夺取了塞托斯。然而，预见到莫诺斯塔叛乱的塞托斯女王伊西斯命令扎拉斯特罗博士让莉亚逃离，莉亚成功逃脱。被莫诺斯塔囚禁在牢狱中的少年阿汀，趁莫诺斯塔前往指挥室离开之际成功越狱。越狱成功的阿汀与莉亚相遇，并欺骗莉亚成功返回故乡，但故乡已被阿特曼污染。莉亚拥有的笛子“弗鲁加”与阿汀产生共鸣，成功启动了古代魂机兵之一的盖伦。扎拉斯特罗博士在确认盖伦的启动后，意识到古代文明留下的、能够对抗阿特曼机械兵的强大战力——魂之钢兵器盖伦和行星环境转换系统“地之石”对特定基因产生反应的假设是正确的，并邀请阿汀加入“地之石”的探索队。