在子允消失后，一个身份不明的组织发动了无差别袭击，魔女计划的所在地“方舟”被夷为平地。在那里独自幸存下来的少女，第一次踏出了世界，并在偶然相遇的京熙的帮助下，在农场度过并适应了温暖的日常生活。与此同时，在少女失踪后，追查其下落的负责人张，以及接到魔女计划创始人白总括的指令展开追杀的总公司特工赵贤，还有觊觎京熙农场所有权的组织头目龙斗，以及来自上海的神秘四人组……怀揣不同目的的各方势力开始聚集，少女体内隐藏的本性也随之觉醒…