过着和平日子的那灿和朋友们。接到富兰克林博士的呼叫，那灿、伊素儿和班大仁前往三次方，得知了在研究所诞生的新机甲兽逃跑的消息，并被拜托找到机甲兽进行收服和亲自教育。由“飞翼骑士”和“飞翼狮”、“高翼龙”以及各自拥有灵魂的四种发射体“四圣兽”所率领的“大师”。灿、伊素儿和班大仁各自用机甲兽雷达追踪并收服了新而强大的机甲兽。另一方面，时间流逝班大仁仍未回来，灿和伊素儿便出去寻找班大仁，重逢的班大仁表情険悪地向那灿突然发起机甲兽对战……