迷你特工队研究所的杰瑞米博士正在研究一种拥有巨大威力的物质“艾利尼姆”。另一方面，蜥蜴军团的首领宙斯计划利用艾利尼姆制造强大的武器，威胁人类世界，并袭击了迷你特工队研究所，抢走了艾利尼姆。为此，总部决定组建一支由精英特工组成的队伍，以夺回艾利尼姆。原本在不同地区活跃的伏特、萨米、麦克斯和露西齐聚一堂！迷你特工队将与杰瑞米博士的女儿安娜一起，对抗蜥蜴军团！然而，蜥蜴军团的阴谋背后隐藏着意想不到的秘密……