在韩美联合演习中，潜艇张保皐的副舰长灿石射杀了疯狂的舰长，并被判处死刑。以为自己已经处决的灿石醒来时，发现自己身处一个未知之地。在留下202的神秘话语后，他看到的是秘密核潜艇“幽灵”。政府用从苏联获得的贷款换来的核潜艇“幽灵”，载着被抹去一切记录、只剩下编号的幽灵船员开始航行。舰长因不信任副舰长202而将核导弹发射密钥交给了灿石，随后被射杀。灿石得知“幽灵”的航行目的是屈服于列强压力而政府下达的自毁指令。在深海600米处，在韩国首次尝试的科技下，反抗舰长的202与阻止他的灿石之间的对决开始了……