电影《支石墓》讲述了公元前2333年，在朝鲜半岛首个部落国家古朝鲜建立前夕的故事。在支石墓文化兴盛的时代，太阳部落和月亮部落以支石江为界，处于敌对关系。太阳部落族长的女儿萨斯米和月亮部落族长的儿子鲍旭在狩猎场相遇，坠入了命中注定的爱河。然而，他们的爱情却演变成了部落间的战争……鲍旭为了保护萨斯米，替她挡下了月亮部落族长射出的箭而死。就这样，发生了父亲杀死儿子的悲剧。而在现代，古代的鲍旭和萨斯米转世为姓氏不同的男女，以考古学博士和女高中生的身份重逢……