4,6 tỷ năm trước, quân đoàn virus tồn tại cùng sự ra đời của Trái Đất, dẫn đầu bởi Ukaka, tấn công nhân loại để giành lại quyền kiểm soát Trái Đất đã bị con người cướp mất. Lúc này, bốn anh hùng mang gen kháng virus đã trở thành Chiến binh Nano Rokapa Đỏ, Xanh, Hồng, Ngọc, và trở thành thần hộ mệnh của nhân loại, cùng với robot khổng lồ Rokapa bảo vệ sự sống của Trái Đất và con người.