Đầu thế kỷ 22, một cuộc chiến tranh hạt nhân đã biến Trái Đất thành hoang mạc. Một số ít nhân loại còn sống sót đã xây dựng thành phố quốc gia Setos và tiến hành kế hoạch phục hưng nhân loại. Trong quá trình đó, họ đã tiếp xúc với Artman, một dạng sống tiềm ẩn đã ẩn mình trong lớp phủ hàng vạn năm, dẫn đến xung đột giành quyền sinh tồn trên Trái Đất. Lợi dụng lúc lực lượng Setos tập trung toàn bộ tại vùng hoang mạc xanh để ngăn chặn Artman xâm lược, Tướng Monostar, người phụ trách an ninh Setos và chỉ huy lực lượng thiết giáp chủ lực Armadillo cùng không quân, đã nổi dậy chiếm lấy Setos. Tuy nhiên, Nữ hoàng Isis của Setos, người đã lường trước cuộc nổi loạn của Monostar, đã ra lệnh cho Tiến sĩ Zarastro đưa Lia trốn thoát. Cậu bé Atin, bị giam cầm trong ngục bởi Monostar, đã trốn thoát thành công khi Monostar rời đi đến phòng điều khiển. Sau khi trốn thoát, Atin gặp Lia và lừa cô bé trở về quê hương. Nhưng quê hương cậu đã bị Artman làm ô nhiễm. Chiếc sáo Fluoga của Lia cộng hưởng với Atin, giúp cậu điều khiển được Gai-Run, một trong những Linh Cơ Binh cổ đại. Sau khi xác nhận Gai-Run hoạt động, Tiến sĩ Zarastro nhận ra giả thuyết của mình là đúng: vũ khí Soulframe Gai-Run, một lực lượng mạnh mẽ để đối phó với các cỗ máy chiến tranh của Artman do nền văn minh cổ đại để lại, và hệ thống chuyển đổi môi trường hành tinh Geodeca, phản ứng với một gen cụ thể. Ông đã mời Atin tham gia đội thăm dò Geodeca.