В начале 22 века ядерная война превратила Землю в пустыню. Немногие выжившие люди построили города-государства Сетос и приступили к реализации плана возрождения человечества. В ходе этого процесса они вступили в контакт с Артманами — скрытыми формами жизни, обитавшими в мантии Земли десятки тысяч лет, что привело к конфликту за право на выживание на планете. Воспользовавшись тем, что все силы Сетоса были сосредоточены в зелёной пустыне для отражения вторжения Артманов, генерал Моностар, начальник службы безопасности Сетоса и командующий основным бронетанковым соединением «Броненосец», а также ВВС, поднял мятеж и захватил власть в Сетосе. Однако королева Сетоса Исида, предвидевшая мятеж Моностара, приказала доктору Зарастро помочь Лии сбежать, что ей и удалось. Мальчик Атин, заключенный в тюрьму Моностаром, успешно сбежал, пока Моностар отсутствовал в командном пункте. После побега Атин встречает Лию и обманом заставляет её помочь ему вернуться на родину. Но его родная земля уже была заражена Артманами. Флейта Лии, Флюога, резонирует с Атином, позволяя ему управлять Гай-Раном — одним из древних Духовных Воинов. Подтвердив активацию Гай-Рана, доктор Зарастро осознаёт, что его гипотеза верна: оружие «Душа-Сталь» Гай-Ран, мощная сила для борьбы с боевыми машинами Артманов, оставленными древней цивилизацией, и система планетарной трансформации «Геодека» реагируют на определённый ген. Он приглашает Атина присоединиться к разведывательной группе «Геодеки».