Há 4,6 bilhões de anos, uma legião de vírus que existia desde o nascimento da Terra, liderada por Ukaka, ataca a humanidade para retomar o controle da Terra que foi roubado pelos humanos. Nesse momento, quatro heróis portadores de um gene antiviral se tornam os Guerreiros Nano Rokapa Vermelho, Azul, Rosa e Jade, e como deuses guardiões da humanidade, eles protegem a vida da Terra e dos humanos junto com o robô gigante Rokapa.