No início do século 22, uma guerra nuclear transformou a Terra em um deserto. Os poucos humanos sobreviventes construíram a cidade-estado de Setos e iniciaram um plano de renascimento da humanidade. Durante esse processo, eles entraram em contato com os Artmans, formas de vida latentes escondidas no manto terrestre por dezenas de milhares de anos, o que desencadeou um conflito pelo direito de sobrevivência na Terra. Aproveitando o momento em que todas as forças de Setos estavam concentradas na região desértica verde para repelir a invasão dos Artmans, o General Monostar, chefe de segurança de Setos e comandante da principal força blindada, a unidade Armadillo, bem como da força aérea, iniciou uma rebelião e tomou o controle de Setos. No entanto, a Rainha Isis de Setos, que previu a rebelião de Monostar, ordenou ao Dr. Zarastro que permitisse a fuga de Lia, que conseguiu escapar. Atin, um garoto aprisionado por Monostar, conseguiu escapar enquanto Monostar deixava a sala de controle. Após sua fuga, Atin encontra Lia e a engana para retornar à sua terra natal, mas esta já havia sido contaminada pelos Artmans. A flauta de Lia, Fluoga, ressoa com Atin, permitindo-lhe pilotar Gai-Run, um dos antigos Guerreiros Espirituais. Após confirmar a ativação de Gai-Run, o Dr. Zarastro percebe que sua hipótese estava correta: a arma Soulframe Gai-Run, uma força poderosa para combater as máquinas de guerra dos Artmans deixadas por uma civilização antiga, e o sistema de conversão ambiental planetária Geodeca, reagem a um gene específico. Ele convidou Atin para se juntar à equipe de exploração da Geodeca.