Após o desaparecimento de Ja-yoon, a Arca, onde o projeto da Bruxa estava em andamento, é devastada por um ataque indiscriminado de um grupo de identidade desconhecida. A garota, única sobrevivente, pisa no mundo exterior pela primeira vez e, com a ajuda de Kyung-hee, que ela encontra por acaso, vive em uma fazenda e se adapta a uma rotina diária calorosa. Enquanto isso, à medida que forças com propósitos distintos convergem — o responsável Jang, que rastreia a garota desaparecida; a agente Jo-hyun da sede, encarregada de eliminá-la a mando do criador do projeto, Baek; o chefe da organização Yong-doo, que cobiça a fazenda de Kyung-hee, e um misterioso quarteto de Xangai — a natureza oculta dentro da garota começa a despertar…