Padua, Itália, no século 18. O cientista Rapaccini realiza uma pesquisa secreta para tornar sua filha Beatrice imune a venenos, utilizando a toxicidade das plantas. Beatrice cresce confinada em um jardim envenenado, vivendo isolada do mundo com uma constituição tóxica. Giovanni, um aspirante a artista, chega a Padua, fica fascinado pelo jardim de Rapaccini e por Beatrice, e se comunica com ela através da pintura. Quando Beatrice sai do jardim com Giovanni, ela é atacada pelas pessoas que a consideram uma bruxa, e Rapaccini expressa sua raiva contra a humanidade. Os três personagens, que tentam proteger seu amor à sua maneira, acabarão por enfrentar uma realidade cruel.