주인공 우주는 집안의 잡동사니를 정리하다 할아버지가 남기신 연구노트와 유품들을 발견하고 우연히 유품들로 인하여 금속시대의 메탈리온 리오를 소환하게 된다. 이후 우주와 리오는 지구 에너지를 지키기 위해 시그마 그룹에 대적하여 싸워 나간다.