15년 전, 한국의 우주 과학자와 그의 팀이 불가사의하게 실종됩니다. 유일한 생존자인 이 박사는 외계인의 지구 공격에 대비하기 위해 초인적인 전사를 만듭니다. 그는 실종된 과학자들의 아들들을 초인적인 영웅으로 변신시킵니다. 그들이 바로 변신전사 트랜스 브라더스입니다. 2000년 전 지구상에서 사라졌던 올멕카 외계인들은 지구 정복을 위한 계획으로 그들의 옛 지도자 쿠쿨칸을 부활시킵니다. 마야의 아데나 공주가 트랜스 브라더스를 돕습니다. 트랜스 브라더스는 이 박사의 뛰어난 무기, 공주, 그리고 의인화된 두꺼비 토디의 도움으로 마야를 지구 정복 작전 기지로 삼으려 했던 사악한 올멕카 외계인들을 물리칩니다.