46億年前、地球誕生と共に存在したウイルス軍団は、ウカカを先頭に、人間に奪われた地球の主導権を取り戻そうと人類を攻撃する。その時、抗ウイルス遺伝子を受け継いだ4人のヒーローがナノ戦士ロカパ・レッド、ブルー、ピンク、ジェイドとなり、人類の守護神としてジャイアント・ロカパ・ロボットと共に地球と人類の生命を守る。