開発のために環境破壊を繰り返すブライトマンの野望により、多くの動物や植物が住む場所を失っている。ブライトマンの手下である研究員三人組に捕まったロディは、一緒に閉じ込められていたホワイトと共に、宇宙のエネルギーが込められたブルーアイを盗んで脱出する。逃げ回った末、行く場所のない動物たちを世話してくれる動物保護施設に落ち着き、その地下にホワイトが秘密基地を作り、ロディを筆頭にターシャとベニーを呼び集め、動物保護施設の娘であるジンが合流してアニマルレスキューが結成される。アニマルレスキューは世界中を駆け巡り、危機に瀕した動物たちを助け、ブライトマンに立ち向かう。