邪悪なオメガは、完全な復活のために数え切れないほどの惑星を破壊し、エネルギー源であるスーパー・ストーンを吸収しようとしている。地球のスーパー・ストーンを守っていたリオとセイバートゥースはオメガを阻止しようとしたが、あまりにも強力な力の前には力不足だと判断し、オメガがスーパー・ストーンを見つけられないように、地球の様々な時空間にスーパー・ストーンを散らばらせて隠した。地球の冒険心あふれるカンサンは、強力なスーパーリオンたちを仲間にし、スーパー・ストーンを取り戻してオメガから地球を守る使命を担うことになる。