22世紀初頭、核戦争により地球は荒野と化した。かろうじて生き残ったわずかな人類は都市国家セトスを建設し、人類復興計画を進めていた最中、数万年もの間マントル層に潜んでいた潜在生命体アトマンと接触し、地球の生存権を巡って衝突することになる。アトマンの侵攻を防ぐためセトスの全兵力が緑の荒野に集中された隙に、セトスの治安担当官であり、セトスの主要機甲戦力であるアルマジロ部隊と空軍を指揮していたモノスタ将軍が反乱を起こし、セトスを掌握する。しかし、モノスタの反乱を予見していたセトスの女王イシスはツァラストロ博士にリアへの脱出を命じ、リアは脱出する。モノスタによって牢獄に囚われていた少年アティンは、モノスタが状況室へ行くために席を外した隙に脱獄に成功する。脱獄に成功したアティンはリアと出会い、リアを騙して故郷へ帰還することに成功するが、故郷は既にアトマンによって汚染されていた。リアが持つ笛フルーガがアティンと共鳴し、古代の魂機兵の一つであるガイレインを動かすことに成功する。ガイレインの起動を確認したツァラストロ博士は、古代文明が残したアトマンの機械兵に対抗する強力な戦力であるソウルフレーム兵器ガイレインと惑星環境転換システムジオデカが特定の遺伝子に反応するという仮説が正しかったことを知り、アティンにジオデカの探索チームへの参加を勧誘する。