地球を含む全宇宙の平和を守る任務を負った5人のスペース・コップス。しかし、宇宙の平和が長く続いたせいで、スペース・コップスは規律が緩んでしまう。司令官のマスタ・キングは、警戒任務に失敗したスペース・コップスをみすぼらしい地下鉄の駅に追放する。そんな中、地球に侵略してきたサーペントは、邪悪なデビル・モンスターのセップを放出して地球を脅かす。地球連合本部は非常令を発令するが、サーペントがあまりにも強いため、押し切られてしまう。人類は大きな危機に直面することになる。一方、考古学者の両親を探しに出た少年カイが、偶然スペース・コップスに出会い、友達になる。スペース・コップスはカイと共に、自分たちのガーディアンであるフェニックス、ライノ、ピューマ、レインディア、コブラの骨を探し出し、ガーディアンたちを復活させ、サーペント一味とセップを阻止して宇宙刑務所に移送しようとする。果たして、失敗ばかりの彼らはガーディアンたちの骨を見つけ、サーペント一味を阻止することができるのだろうか？