この世界には、空から妖怪が流れ星に乗って降りてきて、人間世界を混乱させるという伝説がある。いたずら好きの少年ナチャンは、ある日突然空から落ちてきた流れ星に当たる。ところが調べてみると、それは流れ星ではなく「ヨゲボール」と呼ばれるものだった。妖怪は人間世界にこっそり隠れていたずらをする存在なので、ヨゲボールの中に封印しなければならない。このような妖怪を封印する人を「テイマー」と呼び、それを養成する機関がまさに「ヨゲボールアカデミー」だ。ナチャンは「ヨゲボールアカデミー」に入学し、パートナー精霊を召喚し、バトルを通じて妖怪を封印する教育を受ける。果たしてナチャンは優れたテイマーとなり、人間世界を妖怪から守り抜くことができるのだろうか…？！