ゴーゴーダイノと恐竜たちが暮らすウルル星に、突如ブラックジェニーと悪党たちが現れる。恐竜を人形にしてコレクションしたいという欲望を持つブラックジェニーは、平和なウルル星を脅かし、恐竜たちを捕らえていく。ウルル星を守るため、ゴーゴーダイノが出動して立ち向かうが、力及ばず。星で最も長く生きているアンモナイトのおじいさんから、偶然、伝説の恐竜の存在を聞き、助けを求めに向かう。しかし、毎回ブラックジェニーと悪党たちに襲われ、危機に陥る。紆余曲折の末、伝説の恐竜を見つけることに成功する。しかし、化石になっているのを発見し絶望するが、突然化石が崩れ、伝説の恐竜が目覚める。伝説の恐竜と共に、ブラックジェニーと悪党たちに立ち向かい戦うゴーゴーダイノ。ついにブラックジェニーはゴーゴーダイノと伝説の恐竜に敗北し、ウルル星から逃亡。こうして、ウルル星はゴーゴーダイノと伝説の恐竜によって平和を取り戻すのだった。