パリ・オペラ座の地下深く、暗闇に包まれた場所に、天才的な才能を持ちながらも醜い顔のために隠れて暮らすオペラ座の怪人がいる。オペラ座を支配する彼は「ファントム」としてのみ知られ、その正体を知る者は誰もいない。彼は偶然、天上の歌声を持つクリスティーヌ・ダーエの声を聞き、一瞬で魅了される。そして、彼女をオペラ座の新しい歌姫にするための秘密のレッスンを始める。オペラ座の怪人の助けでクリスティーヌの実力は日ごとに向上し、待ち望んでいたデビュー公演を迎えるが、劣等感と嫉妬に囚われたオペラ座の歌姫カルロッタの邪悪な陰謀により、クリスティーヌのデビューは台無しになってしまう。これに激怒したオペラ座の怪人は、自身のすべてをかけてクリスティーヌを守ることを決意するが…