西暦2100年末、ハン博士の助手であるコンと博士の娘ソンイは、高速道路を走っている最中に奇妙な少年ピコを助ける。研究所でピコを調査した結果、彼はロボットであり、何らかの理由で記憶を失っていることが判明する。しかし、ある日ピコは雷に打たれた後、記憶を取り戻し、カロン一味の地球征服の陰謀を明らかにする。彼は土星の環にあるカロンの基地から脱出した後、カロン一味に襲撃されたのだ。これを知ったカロンはピコとハン博士を暗殺しようとするが失敗し、逆にコンとサンダーAがカロンの基地を叩き潰すために木星へ出発する。しかし、カロンは宇宙戦艦とロボットを次々と送り、サンダーAを阻止しようとするが…