車や電車、人々が楽しく暮らす「トミカ・プラレールタウン」。今日は年に一度の音楽祭が開かれる日。リズムおじさんが作った音楽祭のテーマソングを完成させるには、トミカ・プラレールを大切にする友達の力が必要だという。そこで「トミ」と「レール」は町を離れ、トミカ・プラレールが大好きな少年、ゴヌを訪ねて助けを求めることに。ゴヌはトミとレールと共に、トミカ・プラレールタウンへ大冒険に出ることを決意する。ゴヌと友達は多くの危機を乗り越え、無事にテーマソングを完成させることができるだろうか？トミカとプラレールの最新技術が集結した巨大都市、ニュー・トミカ・プラレール・シティ。トミカとプラレールをすべて奪おうと陰謀を企む宇宙一の無法者「バッドブラック」から町の平和を守るため、この町のヒーロー「スーパー・レールカイザー」と私たちのヒーロー「スーパー・トミカイザー」が力を合わせる。彼らは「バッドブラック」からニュー・トミカ・プラレール・シティを守り抜くことができるだろうか？地球全体のエネルギーの運命を左右する「ハイパー・エナジー」を巡り、地球防衛隊「ハイパー・レンジャー」は「ドクター・アクダン」と戦い、これを倒すが、喜びも束の間、史上初の予測不可能な大災害によって再び混乱に陥る。ハイパー・グリーン・レンジャーは「情熱隊員」「希望隊員」「セチャン隊員」に助けを求め、最強ヒーロードリームチームが集結し、共同作戦を開始する…