シグマ星の攻撃を受けて脱出した王家の末裔アポロンは、妹のナルシンと離れ離れになり、郷愁と孤独に苛まれていた。彼のために漁をしていたチョルス一行は、宇宙ステーションを破壊するガンマ星の飛行体がソラク山を攻撃すると、マジンガーXに乗って出動する。逃走する敵が破壊されると、それを調査しに行ったアポロンはソラク山に隠れていた妹ナルシンと再会する。ガンマ星の将軍はキスカーン王を遣わしナルシンの心を揺さぶり、ナルシンは彼について行った末に捕らえられ、マジンガーXとの交換対象となる。マジンガーXとチョルスの偽物はナルシンを引き渡され、月の基地で自爆する。アップグレードされたマジンガーX2はナルシンと会い、ガンマ星を攻撃する。ガンマ星の基地を破壊したアポロンは、ガンマ星の時空王を許し、チョルス一行と別れてシグマ星へと旅立つ。