冬休みの家族旅行で飛行機に乗っていたハリとドゥリ兄妹は、翼に倒れていた空飛ぶゴブリンのジュビを発見し、シンビとクムビを呼び出す。ジュビを助けた瞬間、正体不明のスキュートたちの攻撃が始まり、深い海の底の棺で復活した伝説の怪獣ヨルムンガンドは飛行機を飲み込もうとする。一方、天空の退魔師に選ばれたカンリムが友達を救うために合流するが、世界を破壊しようとするヨルムンガンドは空飛ぶゴブリンたちの王国まで激しく攻撃し、ハリと友達たちの避けられない空の上での冒険が始まる...