人間の脳に閉じ込められたエイリアンの囚人たちの脱出を防ごうとして、遠い過去に閉じ込められてしまったイアンとサンダーは、時間を貫く扉を開けることができる神剣を手に入れる。一方、イアンの脱出を手助けしたムルクは、自分の体に奇妙な存在がいることを感じて混乱する。ムルクの体に隠れているエイリアンだと疑われる存在がイアンとムルクを追跡し始め、イアンは未来に戻ってエイリアンと対決し、ハバの爆発を防がなければならない。ついに時間の扉が開き、ムルク、イアン、サンダーの秘密が明らかになり始める！