有名ないたずらっ子のジェイコブは、いつも友達と喧嘩ばかりしている問題児。それでも、いつも親友のルーシーとノアとは一緒だ。一緒に博物館へ行ったその日も、いつものようにルーシーと口論を始めた。しかし、ジェイコブは予期せぬ事故で一人、見知らぬ町に落ちてしまう。そして、いろいろと怪しげな「モンキービルのガイド」（ジェイ）に出会い、家に帰るための旅を始める。黄金と快楽だけを崇拝する恐ろしい猿たちの町、モンキービルで、二人の運命はどうなるのだろうか？