ジャユンが姿を消した後、正体不明の集団による無差別な襲撃で、魔女プロジェクトが進められていたアークが壊滅する。そこで唯一生き残った少女は、生まれて初めて外の世界へと足を踏み出し、偶然出会ったギョンスの助けで農場で暮らし、温かい日常に適応していく。一方、少女が失踪したことを受けて行方を追う責任者のチャンと、魔女プロジェクトの創始者ペク総括の指示を受けて抹殺に乗り出した本社エージェントのチョ・ヒョン、ギョンスの農場の所有権を狙う組織のボス、ヨンドゥ、そして上海から来た謎の4人組まで、それぞれ異なる目的を持つ勢力が次々と集まり始め、少女の中に隠された本性が目を覚ますことになる…