平和な日々を送るナチャンと友人たち。フランクリン博士の呼び出しで、ナチャン、イソベル、そしてバンダインはトライフォースへ向かい、研究所で誕生した新しいメカニマルたちが逃げ出したという知らせを聞き、メカニマルたちを見つけ出してテイミングした後、直接教育してほしいという依頼を受ける。 「ウィングナイト」と「ウィングレオ」、「ハイテロ」、それぞれ魂を持つ4つの発射体である「四聖獣」を率いる「マスター」。チャンとイソベル、バンダインはそれぞれメカニマルレーダーで新しく強力になったメカニマルを追跡してテイミングする。一方、時間が過ぎてもバンダインが戻ってこないため、チャンとイソベルはバンダインを探しに出かけ、再会したバンダインは険しい表情でナチャンに突然メカニマルバトルを申し込むのだが…