人類を壊滅させ地球を征服するために、刻一刻と地球に迫りくるアルファ星。その星の首領である緑の女王とマックス将軍に対し、テコンVは立ち向かう。アルファ星が地球と衝突する前に彼らを懲らしめるため、テコンVはマックス将軍のロボット軍団と宇宙空間で戦い、勝利し、マックス将軍とほとんどの悪党は死ぬ。退却するロボット軍団の一員であるピコ少年の後を追うアンドロイドのメリー（メリーは1作目で心臓だけが残り、2作目ではピーターパンのティンカーベルのように小さな体で生まれ変わる）。テコンVに惨敗したことに怒った緑の女王に、ピコ少年の祖父であるミロ将軍は地球征服を諦め、地球人と和親しようと主張し、緑の女王の怒りを買い、ピコとミロ将軍は電子監獄（格子はなく、扉に高圧電流が流れる）に閉じ込められる。監獄でピコは祖父ミロ将軍から、自分たちの祖先は遠い昔に地球から移住した人間と結婚しており、したがって自分たちも地球人の末裔であることを知る。これを立ち聞きしたメリーは二人を脱出させるが、アルファ星の兵士たちに発見され、ミロ将軍は死んでしまう。地球人の末裔であることを知ったピコは、今や地球人のために戦うことを決意し、メリーにテコンVがアルファ星に潜入できるよう扉を開けておくから、地球に戻ってテコンVを呼んできてくれと頼む。アルファ星に潜入したテコンVとフン、ヨンヒ、メリーはアルファ星のロボットたちと戦い、テコンVのVから放たれる光子力ビームで怪物を退治する。フンは緑の女王と単独で決闘し勝利し、ついにアルファ星の地球衝突を防ぐことになる。最後のシーンでメリーは正体不明の神秘的な光を浴びた後、人間になる。善行をたくさん積んだことへの天からの贈り物だったのだろうか。