ミニ特攻隊研究所のジェレミー博士は、絶大な威力を持つ物質「エリニウム」を研究している。一方、トカゲ軍団の隊長ゼウスは、エリニウムで強力な武器を作り、人間世界まで脅かす計画でミニ特攻隊研究所を襲撃し、エリニウムを奪い取ってしまう。これに対し、エリニウム奪還のため、本部は精鋭エージェントで構成されたチームを作ることを決定する。それぞれ異なる地域で活躍中だったボルト、サミー、マックス、ルーシーが一堂に会することになる！ジェレミー博士の娘アンナと共に、トカゲ軍団に立ち向かうミニ特攻隊！しかし、トカゲ軍団の陰謀には想像もできない秘密が隠されていた…。