動物たちが暮らすブルーベル村を守るため、長い年月をかけて秘密裏に結成された最強戦士ミニパトロール！驚異のスピードを誇る「ボルト」、最高のジャンプ力を持つ「サミー」、強力なパワーの「マックス」、最強の防御力を持つ「ルーシー」は、それぞれ特別な能力を持つミニパトロール隊員として、小さな動物たちをいじめ続ける悪党「ナイン」と「パスカル」に立ち向かい、弱き者たちを守っている。ある日、「ナイン」は全てをコピーするエイリアン「ジョディ」を洗脳し、ミニパトロールを攻撃させる。さらに、嗅いだだけで泣き出してしまう花メカモンでブルーベル村を涙の海に変え、「パスカル」の力でさらに強くなった双子のペンギン泥棒まで現れるのだが…。