1597年、壬辰倭乱から6年。長きにわたる戦争で混乱の極みに達した朝鮮。恐るべき速さで漢陽へ北上する倭軍により国家存亡の危機に瀕した時、濡れ衣を着せられ罷免されていた李舜臣（イスンシン）将軍が三道水軍統制使に再任される。しかし、彼に残されたのは戦意を喪失した兵士と恐怖に満ちた民、そしてわずか12隻の船だけ。最後の希望であった亀甲船さえ燃え、残忍な性格と優れた知略を持つ傭兵、来島（クルシマ）が倭軍の首長として名乗り出ると、朝鮮はさらに動揺する。330隻にも達する倭軍の船が次々と集結し、誰もが敗北を予感する瞬間、李舜臣将軍はわずか12隻の船を率いて海へと乗り出すのだが…。