合同軍事演習中、潜水艦チャン・ボゴの副艦長チャンソクは狂った艦長を射殺し、死刑判決を受ける。死刑執行されたと思われたチャンソクが目を覚ました場所は、どこか分からない場所だった。202の謎めいた言葉を残し、彼が見たのは秘密核潜水艦「幽霊」だった。政府がソ連からの借款の代わりに受け取った核潜水艦「幽霊」は、全ての記録を抹消され、番号だけを残された幽霊乗組員を乗せて航海を開始する。副艦長202を信用できず核ミサイル発射キーをチャンソクに渡した艦長は射殺され、「幽霊」の航海の目的が列強の圧力に屈した政府の自爆指示であることを知る。深海600メートル、韓国で初めて試みられたテクノロジーの下、艦長に反旗を翻した202と、彼を阻止するチャンソクの対決が始まる...