銀河系から600万光年離れたアンドロメダには、人間を凌駕する高度な文明が発達していた。文明の発展は彼らの生活を破滅へと導き、新たな突破口を求めて、別の宇宙生命体を探す計画を立てる。しかし、彼らが探していた文明は存在しなかった。そこで彼らは文明を自ら創造することに決める。9999個の超知能コンピューターが宇宙に撒かれ、遠い未来の地球には8988というコンピューターが投下される。西暦2157年の科学力を誇る異星組織イドが地球に侵略してくると、地球は滅亡の危機に瀕する。海の下に隠れていたアトランティスの末裔エルカは、デルタ8988の助けを借りて地球を救う人物を見つけ出す。彼は1996年のオ・ヘソンであり、エルカの特殊工作員マリーは彗星を未来へ送ろうとして命を落とし、オ・ヘソンは一人で未来へ行く。オ・ヘソンはエルカの女王であるヘラとハデスから特別な戦闘訓練を受け、イド司令官のケサロスは地球人を殲滅するこの戦争に疑問を抱き、イドの超知能コンピューターへと向かう。エルカとイドの戦争は次第に超知能コンピューターによって主導され、ケサロスとオ・ヘソンは超知能コンピューターの代理人として戦闘を行う。