何度も世界を救ってきたランニングマンは、ツリーシティのトップスターとして絶対的な支持を得ていた。しかし、ある日突然、ランニングマンたちが危険な悪党となり、市民を襲い始める…。1000年間、影の中で世界のバランスを守ってきた秘密組織メトロノームは、闇に堕ちたランニングマンを排除するために全面戦争を宣言する。メトロノームのエージェント、レマはランニングマンの突然の変化を怪しみ捜査を開始し、「光」と「影」、ランニングマンとメトロノーム。互いに銃口を向け合う中、繰り広げられる歴代級の超能力対決—ツリーシティの真の敵は一体誰なのか？