ハレー彗星が地球に接近する時期、宇宙の悪党ムスタングが地球に潜入する。地球の防衛網はある天才少女が統制しており、ムスタングはこの少女を暗殺し地球を征服しようと企んでいる。ムスタングの攻撃で少女が昏睡状態に陥ると、ダイアトロン5特攻隊はベア博士が作ったマイクロ光線を受けて縮小され、少女の体内に侵入して細菌たちと戦う。