18世紀イタリアのパドヴァ。科学者のラパチーニは、娘ベアトリーチェのために植物の毒を利用して人間を毒体質に変える秘密の研究を行う。ベアトリーチェは毒が宿る庭に閉じ込められて育ち、毒性を帯びたまま世間から隔絶されて生きていく。芸術家を夢見るジョヴァンニはパドヴァに来て、ラパチーニの庭とベアトリーチェに魅了され、絵を通じて彼女と交流するようになる。共に庭の外に出たベアトリーチェは、人々に魔女だとされ攻撃され、ラパチーニは人間への怒りを露わにする。それぞれの方法で愛を守ろうとする三人は、結局冷酷な現実と向き合うことになる。