ウラル山脈北部にある閉鎖された鉱山。キャンベル博士は、まだ世間に公開されていない新種のティラノサウルスよりも50倍近い巨大な恐竜の化石がこの地点にあることを知り、助手であるホリーと共に発掘を開始する。発掘作業の終盤、空から雷鳴と共に緑色の光線が飛んできて恐竜の化石に降り注ぐと、化石だったヨンガリは生きている巨大な怪獣となり、アメリカのロサンゼルスを破壊し尽くして大混乱に陥れる。一方、探査に出かけて行方不明になっていたヒューズ博士は、ヨンガリの秘密が記された予言書を発見し、ホリーと共に予言書を解読する。ヨンガリが宇宙の生命体によって操られていることを知った彼らは、解読文書の秘密を利用してヨンガリを攻撃し、ヨンガリは本性を探し出して市民を救うが、宇宙人はヨンガリの体躯の約2倍の大きさのサイカーという新たな怪物を再び地球に送り込む。