人工知能都市「エコバン」の中心部、「デロスセンター」に侵入者が発生する。エコバンのパトロール隊員ジェイは、その侵入者が初恋の人スハであることを知る。空は灰色ではなく青いのだと、いつか必ず青い空を見せてあげたいと言っていたスハ。しかし、突然エコバンを去り、人々は皆彼が死んだと言った。待ち望んだ初恋の人を敵として目の前にしたジェイは混乱に陥り、ジェイを愛する警備隊長シモンもまた、スハの存在を知ることになる…。灰色の空が続く地球。生き残った人々は南太平洋の「シシル島」に集まり、都市を建設する。科学者たちと権力者たちは、汚染物質をエネルギー源とする人工知能都市「エコバン」を建設し、放射能に暴露された難民たちを受け入れない。エコバンから追放された難民たちは「マル」という地域に根を下ろす。エコバンが建設されてから100年後、汚染された大気が徐々に澄んでくると、「マル」の汚染された大気をエネルギー源としていた「エコバン」は、都市の特性上、汚染物質が引き続き必要となり、ついにエネルギー確保のためにマル全域を焼き払い、都市の命脈を繋ごうとする陰謀を計画する。