海の守護者「レッドハンターズ」を率いる「ムロク」隊長の跡を継ぎ、海を守るヒーローになるために、ポロロと友達は海中冒険に出かけます。しかし、巨大な怪物「シータス」がポロロと友達の潜水艦を丸ごと飲み込んでしまい、「ムロク」隊長の助けでかろうじて救出された「ポロロ」と「クロン」は、「シータス」に捕らえられた友達を救うために「最後のシータス」狩りに乗り出した「レッドハンターズ」の最後の作戦に同行することに。しかし、秘密めいた少女「マリン」が現れ、彼らの作戦を妨害し始め、海の中に隠された本当の秘密が明らかになります…。果たして、ポロロと友達は神秘的な秘密を解き明かし、真の「シー・ガーディアンズ」になることができるのでしょうか？