太陽系から3000光年離れた名もなき惑星から発せられた奇妙な電波が宇宙を駆け巡り、地球へと向かう。西暦2001年5月の夜、ある研究所に異星からの電波が届き、異星人からの受信を受ける。その内容は、コスモ星の緑の魔王が地球を侵略するというものだった。緊急事態と判断した博士は博士会議を招集するが、他の博士たちはこれを信じない。博士はより確実な証拠を作るため、ゴドリ、テンクと共にランボートに乗り、コスモ星へと旅立つ。しかし、コスモ星に到着した一行の前に一体のロボットが現れ、カン博士は緑の魔王に拉致されてしまう。緑の魔王は、地球征服の大きな障害となるランボートを製作したカン博士を拉致し、精神改造機を使って部下にする。そしてカン博士を利用してランボートの頭脳回路を破壊する。緑の魔王は地球を攻撃し、地球防衛軍のアルファ1、ベータ2、ガンマ3号を撃破し、カン博士の娘ヘニーを拉致する。ヘニーにランボートを動かすための予備頭脳があることを知ったゴドリとテンクは、ヘニーを探しに緑の魔王の戦艦に潜入するが捕まってしまう。しかし、カントの助けでゴドリはランボートの予備頭脳を持って脱出し、ランボートを起動させる。ゴドリはランボートと共にバイキングXを撃破し、カントのおかげで正気を取り戻したカン博士はテンボ、ヘニーと共に脱出する。緑の魔王はブラックマスクに乗って対抗するが、ランボートによって破壊され、残った緑の者たちはカントの導きで武器を捨て、コスモへと帰っていく。