映画『ゴインドル』は、紀元前2333年、朝鮮半島初の部族国家である古朝鮮建国直前の物語である。ゴインドル文化が栄えた時代、太陽部族と月部族が支石江を境界として敵対関係にあった。太陽部族長の娘サスミと月部族長の息子バウチョクは、狩場で出会い運命的な愛に落ちる。しかし、彼らの愛は部族間の戦争へと発展し…。バウチョクはサスミを守るために、月部族長が放った矢を代わりに受けて死ぬ。父が息子を殺した状況となったのだ。そして現在、古代人のバウチョクとサスミは、姓の異なる男女として生まれ、考古学博士と女子高生の身分で再会する…