ゲーム王国を荒らした「ネモウイルス」を退治するため、次元を超えてエディ博士に助けを求めに来たゲーム王国の執事、チャチャおじさん。彼を追ってきたウイルスモンスターのせいでポロンポロン村は危機に陥り、クロンとポビーは四角い姿になってしまう。ポロロと友達は、ゲーム王国とポロンポロン村を救うため、チーム・ポロロとチーム・エディに分かれ、エディ博士が発明したコンピューターワクチンを持ってウイルス掃討大作戦を開始する。果たしてポロロたちは、ゲーム王国とポロンポロン村を守り抜くことができるのか？