150億年前のビッグバン以降、46億年前に地球が誕生した瞬間からガスの中に存在していたウイルスたちが、長い年月をかけて息を潜め、人間から地球の支配権を取り戻すために、ウイルスの総体を介して知性体ウカカを生成させる。知能を持つウカカはウイルスを培養してウイルス軍団を創設し、人間の体内にウイルスを注入して人間を支配しようとする。これに対し、抗ウイルス体質を持って生まれたナノ戦士ロカパのヒーローたちが、人間の体内に侵入したウイルスを退治して人間を救い、体外に出て巨大化したウイルスモンスターをジャイアントロカパロボットを召喚して永遠に制圧する内容の子供向けSFX特撮ドラマである。