平和なライトシティで、ゴンチャンと仲間たちは学校の前でミニ恐竜を売る正体不明の商人たちを発見する。彼らの正体は、消えたと思われていた悪党「オブバ団」だった！彼らはタイムトラベルができるタイムキューブを使い、恐竜時代の恐竜をミニ恐竜にして連れてきた後、巨大化させて地球を攻撃する。一方、過去に戻ったオブバ団は6500万年前の若いジュ館長を攻撃してジュラシック・コップスの誕生を阻止し、現在のジュラシック・コップスを消滅させてしまう。ゴンチャン一行もタイムキューブを別別海賊団に奪われ、恐竜時代に閉じ込められてしまう。ゴンチャンの母親の努力で恐竜時代から脱出し、ジュラシック・コップスの復活に成功したゴンチャンと仲間たち！現在に戻り、メカ恐竜で都市を攻撃するオブバ団と、地球の運命をかけた最終決戦を繰り広げる。