4,6 miliar tahun lalu, pasukan virus yang ada sejak kelahiran Bumi, dipimpin oleh Ukaka, menyerang umat manusia untuk merebut kembali kendali Bumi yang dirampas oleh manusia. Pada saat itu, empat pahlawan yang mewarisi gen antivirus menjadi Prajurit Nano Rokapa Merah, Biru, Merah Muda, dan Zamrud, dan sebagai dewa pelindung umat manusia, mereka melindungi kehidupan Bumi dan manusia bersama robot raksasa Rokapa.