Pada awal abad ke-22, perang nuklir mengubah Bumi menjadi gurun. Sejumlah kecil manusia yang selamat membangun negara-kota Setos dan memulai rencana kebangkitan umat manusia. Dalam prosesnya, mereka bersentuhan dengan Artman, bentuk kehidupan laten yang tersembunyi di mantel bumi selama puluhan ribu tahun, yang memicu konflik memperebutkan hak untuk bertahan hidup di Bumi. Memanfaatkan saat seluruh pasukan Setos terkonsentrasi di gurun hijau untuk menahan invasi Artman, Jenderal Monostar, kepala keamanan Setos dan komandan kekuatan lapis baja utama, unit Armadillo, serta angkatan udara, melancarkan pemberontakan dan mengambil alih Setos. Namun, Ratu Isis dari Setos, yang telah meramalkan pemberontakan Monostar, memerintahkan Dr. Zarastro untuk membiarkan Lia melarikan diri, yang berhasil lolos. Atin, seorang anak laki-laki yang dipenjara oleh Monostar, berhasil melarikan diri saat Monostar meninggalkan ruang kontrol. Setelah melarikan diri, Atin bertemu Lia dan menipunya untuk kembali ke tanah airnya, tetapi tanah airnya telah terkontaminasi oleh Artman. Seruling Lia, Fluoga, beresonansi dengan Atin, memungkinkannya mengendalikan Gai-Run, salah satu Prajurit Jiwa kuno. Setelah mengkonfirmasi aktivasi Gai-Run, Dr. Zarastro menyadari bahwa hipotesisnya benar: senjata Soulframe Gai-Run, kekuatan kuat untuk melawan mesin perang Artman yang ditinggalkan oleh peradaban kuno, dan sistem konversi lingkungan planet Geodeca, bereaksi terhadap gen tertentu. Dia mengundang Atin untuk bergabung dengan tim eksplorasi Geodeca.